環境工程實驗室包括環境科學和環境工程實驗室，下屬有廢水處理實驗分室、廢氣治理實驗分室、環境監測和分析實驗分室、環境微生物實驗分室、環境化學實驗分室、土壤實驗分室等。環境實驗室主要任務是研究污染物在環境中的分布，存在形式，遷移、轉化歸宿以及它們的環境效應，并采用物理的、化學的、生物的方法，運用現代工程技術進行治理。環境實驗室面對的對象是污染物，并且在分析、處理污染物的過程中又制造了新的污染物。
研究方向及內容
★污染過程與生態效應
以長期污染、復合污染水土為主要對象，研究典型污染物在分子尺度上的賦存形態、界面行為、遷移規律，遷移動力學與規律、生態毒理與毒害響應等。
★污染控制與生態修復
以污灌區和工礦廢棄地長期污染、復合污染土壤為主要對象，以生態治理為主要手段，研究污染物阻控與消減；生態修復原理與技術；廢物處理與循環利用。
★區域環境與環境管理
以區域環境安全為主要目的，以典型城市和工業密集區為主要研究對象，研究區域環境質量演變規律；循環經濟與產業生態；環境風險與災害預警。